Ciao 
Rispondo ad un paio di punti:
Confermo che cancellando da telefono o da iCloud, le foto verrebbero cancellata dalla controparte
A quanto mi risulta (ho provato a fare una ricerca rapida su google più una prova dal mio Mac) non è possibile selezionare un HD esterno per destinare il backup
Credo che sia perché iTunes è stato installato su C e quindi, di conseguenza, il backup viene localizzato sempre su C.
Mi verrebbe da pensare che, per poter utilizzare D, debba installare lì iTunes (non ne ho la certezza in quanto non ho Windows a disposizione).
Ho comunque trovato questo topic sul forum, anche se un po’ datato, prova a vedere se può fare al caso tuo!
Comunque potresti anche ponderare l’idea di acquistare (anche solo per un mese o per il tempo a te necessario) un abbonamento iCloud più capiente, effettuare il backup di tutte le foto li. Accedere poi ad iCloud da PC e selezionare tutte le foto, trasferirle quindi ad una cartella pre-creata su HD esterno.
In questo modo avresti tutte le foto salvate su HD con un backup “sicuro” ed eventualmente potresti anche pensare di cancellarle per fare spazio sull’iPhone o, come è capitato anche a me, decidere se mantenere lo spazio iCloud per il futuro 