Nuova Libreria di iTunes + Sincronizzazione iPhone4

Ciao a tutti, ho purtroppo perso alcuni file fondamentali della mia libreria di iTunes causa mal spegnimento del PC. Fortunatamente ho recuperato i file relativi alla musica e alle App (gli .ipa), quindi sostanzialmente la mia libreria di iTunes non è cambiata molto, solo che considera il mio iPhone come se fosse nuovo. Ora il problema avviene quando voglio sincronizzare (cosa che non mi arrischio a fare) in quanto iTunes mi avverte che cancellerà tutti i dati delle mie App dal cell e le reinstallerà dalla libreria come nuove, immacolate, come se non le avessi mai toccate, e quindi addio a tutti i miei dati. Qualcuno di voi saprebbe pormi una soluzione? Grazie in anticipo.

Uso sia win che mac os.