Mancata sincronizzazione apps tra iPhone e iTunes

Buongiorno,
ho da poco acquistato un 5S, prima avevo un 4 e prima ancora un 3GS.
Tutto bene tutto bello ma … le app, in occasione degli aggiornamenti, non si sincronizzano con il telefono e viceversa.
Praticamente se aggiorno le app con iTunes (sia via WiFi che tramite connessione con il cell o altro) al momento del collegamento con il 5S fa il backup ma non sincronizza le app.
Questo problema mi obbliga ad effettuare ogni volta il doppio download degli aggiornamenti.
Qualcuno mi può aiutare?

Per completezza di informazioni devo dire che se elimino una app direttamente dal 5S o da iTunes l’aggiornamento, in occasione del collegamento del 5S con il PC, riesce perfettamente.

Grazie

Domanda molto banale, hai scelto nelle preferenze di iTunes di aggiornare tutto? Con che iOs hai salvato i vecchi backup ?