IPhone 3GS e iphone 5 sincronizzati su stesso pc

Salve. Ho acquistato un iphone 5 dopo aver avuto un 3GS. I telefoni dono nominati allo stesso modo. Fino ad ora ho fatto il back up solamente su icloud con entrambe i telefoni. Ora ho fatto la sincronizzazione del 3GS su iTunes 11 su un nuovo pc. Ho collegato e fatto “trasferisci acquisti”. Successivamente collegando il nuovo (iphone 5) cosa succede?? L’account Apple e’ lo stesso per i due telefoni. Solo che alcune app per il 5 sul 3GS non vanno o viceversa, o alcune sul 5 le ho cancellate mentre voglio mantenere sul 3GS , foto ecc…come si comporta iTunes??li distingue o collegando il 5 mi caricherà’ il contenuto del 3GS??