Sincronizzazione iPhone su due Pc tramite iTunes

Sono novello e non capisco una cosa che deve essere ovvia…
Sovente mi capita di sincronizzare il mio iphone 4 ad iTunes su due pc differenti…
Ogni volta che lo sincronizzo ad uno,lui mi copia su itunes in automatico le app che avevo solo sull’iPhone…
E fin qui tutto bene,il problema è che poi se scarico qualcosa dall’app store via iTunes non me le installa più sul telefono…
Per far si che le installi devo fare Dispositivi/iphone di /applicazioni/sincronizza applicazioni…ma itunes mi sincronizza tutto le app cancellandomi le cartelle e l’ordine…
Come mai?