Sincronizzare su unico pc due device apple con diversi account

Salve,
ripropongo una domanda ovvia ma per me molto ostica.
Ho sincronizzato su itunes prima il mio ipad e dopo l’iphone di mia moglie; i 2 device hanno due account diversi ma quando ho fatto la sincronizzazione non ho cambiato account su itunes lasciandolo settato sul mio.
Adesso mi ritrovo sul mio ipad le mie app (anche perchè non l’ho più collegato al pc) mentre sull’iphone ed anche su itunes ci sono sia le sue app che quelle del mio ipad; e soprattutto sull’iphone funzionano tutte (leggendo avevo capito che app prese con un account non dovevano funzionare con un altro).
Come devo fare per tornare indietro, diciamo a quando non avevo ancora collegato l’iphone e quindi togliere da iphone tutte le app e file provenienti dall’ipad e togliere da itunes tutte le app aggiunte con l’iphone?
E successivamente come bisogna fare per tenere separate le due gestioni dei device?
Ultima cosa, qualche guida per itunes ma bella esaustiva dove posso trovarla?
Ciao Gabriele
PS io sarò anche durino ma itunes non mi pare un grandissimo programma…